Jakarta Lufthavn har tre terminaler:
- Terminal 1: håndterer kun indenrigsflyvninger fra Citilik, Batik Air, Transnusa og udvalgte Lion Air-flyvninger,
- Terminal 2: håndterer internationale flyvninger fra Air Asia, Asiana Airlines, Batik Air, Cathay Pacific, Cebu Pacific, Etihad, EVA Air, Malaysia Airlines, Malindo Air, Philippine Airlines, Qantas, Qatar, Royal Brunei, SriLankan og Turkish Airlines, samt indenrigsflyvninger fra Air Asia, Nam Air, Sriwijaya Air og udvalgte Lion Air-flyvninger,
- Terminal 3: håndterer alle Garuda-flyvninger (indenrigs og internationale) + internationale flyvninger kun med Air China, ANA, China Airlines, China Southern Airlines, Citilink, Emirates, Ethiopian Airlines, Japan Airlines, Jetstar, KLM, Korean Air, Oman Air, Saudia, Scoot, Singapore Airlines, THAI, Vietnam Airlines og Xiamen Air.
En gratis lufthavnsbus og et automatisk tog kører mellem terminalerne med intervaller på omkring 10 minutter.
Da du højst sandsynligt skal skifte mellem to ikke-sammenhængende flyvninger, anbefales det at afsætte mindst 3 timer til tilslutningsfly.