Lufthavnen, der officielt er opkaldt efter Nikos Kazantzakis, er den største på Kreta. I sommersæsonen håndterer den talrige charterflyvninger; resten af året betjenes den hovedsageligt af flyvninger fra Athen og andre græske byer.

Ved første øjekast ser Heraklion Lufthavn temmelig gammeldags ud, og dens faciliteter er ikke længere rigtig egnet til moderne drift.

I 2017 blev der truffet en endelig beslutning om at bygge en ny, moderne lufthavn; færdiggørelsesdatoen er blevet udsat gentagne gange, og den forventes i øjeblikket at åbne ved årsskiftet mellem 2026 og 2027.

For rejser til det vestlige Kreta er Chania Lufthavn et godt alternativ.

Fra april til oktober betjener lufthavnen mange flyselskaber fra hele Europa med både rute- og charterflyvninger til alle hjørner af kontinentet.

Det mest omfattende rutenet fra Heraklion drives af følgende flyselskaber:

• Aegean Airlines: helårsforbindelser flere gange om dagen til Athen + sæsonbestemte direkte flyvninger om sommeren til hele Europa
• Sky Express: helårsforbindelser til Athen, Thessaloniki og andre græske øer + sæsonbestemte direkte flyvninger til hele Europa om sommeren
• Jet2.com: de hyppigste afgange til mange britiske byer
• Eurowings: flyvninger til mange tyske byer
• Volotea: direkte flyvninger til Athen, Italien og Frankrig
• TUI: omfattende forbindelser til Storbritannien, Nederlandene, Belgien og Tyskland
• easyJet: flyvninger til flere britiske byer, Frankrig og Schweiz
• Wizz Air: regelmæssige flyvninger til Østeuropa
• Ryanair: et relativt begrænset antal flyvninger sammenlignet med andre, f.eks. til Bergamo, Wien, Berlin eller Bruxelles