Chania har én enkelt, lille og moderne terminal, hvor det er meget nemt at finde rundt. Afstanden til flyene er kort; i sommersæsonen skal man forvente store menneskemængder på et relativt lille område.

Check-in til flyvninger til og fra Schengen-området foregår i en fælles hal. Passagererne adskilles først, efter at de har passeret den fælles sikkerhedskontrol; nogle gater ligger bag paskontrollen, mens andre ikke gør.

Både afgangs- og ankomsthallerne ligger i stueetagen.

Lufthavnen lukker mellem den sidste og den første ankomst; åbningstiderne er normalt fra kl. 04.00 til midnat.